Применение SSR-праймеров для изучения полиморфизма ДНК сортов сои стало широко распространённой практикой и позволяет сделать более точные выводы о генетическом разнообразии и эволюции данного вида. В лаборатории биотехнологии ВНИИ сои проводится анализ генетических систем сои с применением экспериментально отобранных ранее 8 пар SSR-праймеров. При увеличении числа образцов возникли сложности в идентификации некоторых сортообразцов. Цель исследований состояла в подборе новых праймеров, оптимальных температурных условий ПЦР и выявлении полиморфизма амплифицированных фрагментов ДНК сортов сои селекции ФГБНУ ФНЦ ВНИИ сои. Отобрали 6 пар SSR-локусов (Satt149, Satt286, Satt307, Sat_413, Satt532, Satt547), с помощью которых проанализировали популяцию из 9 сортов сои селекции ВНИИ сои (Бонус, Грация, Евгения, Журавушка, Куханна, МК 100, Лебёдушка, Невеста, Статная). Локус Sat_413 не обнаружили в сортах Евгения, МК 100 и Невеста. В результате ПЦР-анализа образцов выявлено 16 аллелей. Число аллелей на локус варьировало от 2 до 5 (среднее – 2,15). Показатель уровня полиморфности (nе) варьировал от 1,25 до 3,86 (среднее – 2,44). Установили, что из изученных SSR-локусов 3 имели PIC > 0,5, что указывает на их высокую информативность в качестве маркёров для оценки степени генетического родства. Среднее значение PIC составило 0,53. В итоге установили, что 3 из 6 ген могут быть рекомендованы для различения генотипов. Предложили новую маркёрную систему идентификации генотипов сои, состоящую из локусов Satt286, Satt307, Satt547, использованных в рамках данной работы, и Satt1, Satt2, Satt5, Satt9, Satt681, Sat_263, Satt181, предложенных ранее. Благодаря применению данного набора селекционеры могут эффективно оценить генетическое разнообразие сортов сои и выбрать наиболее перспективные для дальнейшего развития.