Цель исследования заключалась в мониторинге корневых гнилей сои и уточнении их этиологии в зависимости от гидротермических условий конкретного года в северной лесостепной зоне Новосибирской области. Для исследований использован сорт сои СибНИИК 9. В результате пятилетнего периода наблюдений было установлено, что в первой половине вегетационного периода развитие корневых гнилей превышало порог вредоносности в среднем в 8,8…10,6 раз. Наибольшие показатели патогенности были зафиксированы в засушливые годы: 2022 и 2023. Во второй половине вегетации развитие корневых гнилей сои превышало пороговые значения в 2…3,6 раза, при этом максимальные показатели также отмечались в вышеупомянутых засушливых годах. Результаты исследования показали, что основными возбудителями корневой гнили в лесостепной зоне Новосибирской области являются грибы рода Fusarium. На подземных органах сои их присутствие в среднем за пять лет составило 84,7 %. В видовой состав грибов рода Fusarium вошли пять основных видов: F. oxysporum, F. poae, F. sporotrichioides, F. solani и F. equiseti. На протяжении исследования наибольшее доминирование в патогенном комплексе наблюдалось у F. oxysporum, особенно в годы с гидротермическим стрессом: в 2023 году его представленность достигла 63,3 %. В отличие от него, виды F. poae, F. sporotrichioides и F. solani проявляли более высокую распространённость в годы с достаточным или избыточным увлажнением. Кроме того, из корней сои были выделены грибы родов Pythium и Alternaria, что свидетельствует о многообразии микробной фауны, взаимодействующей с соей в изучаемом ареале. Данный анализ позволяет сделать выводы о зависимости представленности различных видов грибов от условий окружающей среды, что может быть полезным для разработки мер по профилактике заболеваний сои.